వార్తలు

గత దశాబ్దంలో, జన్యు శ్రేణి సాంకేతికత క్యాన్సర్ పరిశోధన మరియు క్లినికల్ ప్రాక్టీస్‌లో విస్తృతంగా ఉపయోగించబడుతోంది, ఇది క్యాన్సర్ యొక్క పరమాణు లక్షణాలను వెల్లడించడానికి ఒక ముఖ్యమైన సాధనంగా మారింది. పరమాణు నిర్ధారణ మరియు లక్ష్య చికిత్సలో పురోగతి కణితి ఖచ్చితత్వ చికిత్స భావనల అభివృద్ధిని ప్రోత్సహించింది మరియు కణితి నిర్ధారణ మరియు చికిత్స యొక్క మొత్తం రంగంలో గొప్ప మార్పులను తీసుకువచ్చింది. క్యాన్సర్ ప్రమాదాన్ని హెచ్చరించడానికి, చికిత్స నిర్ణయాలకు మార్గనిర్దేశం చేయడానికి మరియు రోగ నిరూపణను అంచనా వేయడానికి జన్యు పరీక్షను ఉపయోగించవచ్చు మరియు రోగి క్లినికల్ ఫలితాలను మెరుగుపరచడానికి ఇది ఒక ముఖ్యమైన సాధనం. క్యాన్సర్ నిర్ధారణ మరియు చికిత్సలో జన్యు పరీక్ష యొక్క అనువర్తనాన్ని సమీక్షించడానికి CA క్యాన్సర్ J క్లిన్, JCO, ఆన్ ఓంకోల్ మరియు ఇతర జర్నల్స్‌లో ఇటీవల ప్రచురించబడిన కథనాలను ఇక్కడ సంగ్రహించాము.

సోమాటిక్ ఉత్పరివర్తనలు మరియు జెర్మ్‌లైన్ ఉత్పరివర్తనలు. సాధారణంగా, క్యాన్సర్ తల్లిదండ్రుల నుండి వారసత్వంగా (జెర్మ్‌లైన్ ఉత్పరివర్తనలు) లేదా వయస్సుతో పొందిన (సోమాటిక్ ఉత్పరివర్తనలు) DNA ఉత్పరివర్తనల వల్ల వస్తుంది. జెర్మ్ లైన్ ఉత్పరివర్తనలు పుట్టుకతోనే ఉంటాయి మరియు ఉత్పరివర్తన సాధారణంగా శరీరంలోని ప్రతి కణంలోని DNAలో ఉత్పరివర్తనను కలిగి ఉంటుంది మరియు సంతానానికి సంక్రమించవచ్చు. సోమాటిక్ ఉత్పరివర్తనలు నాన్-గేమెటిక్ కణాలలో వ్యక్తులు పొందుతాయి మరియు సాధారణంగా సంతానానికి సంక్రమించవు. జెర్మ్‌లైన్ మరియు సోమాటిక్ ఉత్పరివర్తనలు రెండూ కణాల సాధారణ క్రియాత్మక కార్యకలాపాలను నాశనం చేస్తాయి మరియు కణాల ప్రాణాంతక పరివర్తనకు దారితీస్తాయి. సోమాటిక్ ఉత్పరివర్తనలు ప్రాణాంతకతకు కీలకమైన డ్రైవర్ మరియు ఆంకాలజీలో అత్యంత అంచనా వేసే బయోమార్కర్; అయితే, దాదాపు 10 నుండి 20 శాతం కణితి రోగులు జెర్మ్‌లైన్ ఉత్పరివర్తనలను కలిగి ఉంటారు, ఇవి వారి క్యాన్సర్ ప్రమాదాన్ని గణనీయంగా పెంచుతాయి మరియు ఈ ఉత్పరివర్తనలలో కొన్ని చికిత్సాపరమైనవి కూడా.
డ్రైవర్ మ్యుటేషన్ మరియు ప్యాసింజర్ మ్యుటేషన్. అన్ని DNA వైవిధ్యాలు కణ పనితీరును ప్రభావితం చేయవు; సగటున, సాధారణ కణ క్షీణతను ప్రేరేపించడానికి ఐదు నుండి పది జన్యు సంఘటనలు అవసరం, వీటిని "డ్రైవర్ మ్యుటేషన్లు" అని పిలుస్తారు. కణ పెరుగుదల నియంత్రణ, DNA మరమ్మత్తు, కణ చక్ర నియంత్రణ మరియు ఇతర జీవిత ప్రక్రియలలో పాల్గొన్న జన్యువులు వంటి కణ జీవిత కార్యకలాపాలకు దగ్గరి సంబంధం ఉన్న జన్యువులలో డ్రైవర్ మ్యుటేషన్లు తరచుగా సంభవిస్తాయి మరియు చికిత్సా లక్ష్యాలుగా ఉపయోగించబడే సామర్థ్యాన్ని కలిగి ఉంటాయి. అయితే, ఏదైనా క్యాన్సర్‌లో మొత్తం ఉత్పరివర్తనల సంఖ్య చాలా పెద్దది, కొన్ని రొమ్ము క్యాన్సర్‌లలో కొన్ని వేల నుండి కొన్ని అధిక వేరియబుల్ కొలొరెక్టల్ మరియు ఎండోమెట్రియల్ క్యాన్సర్‌లలో 100,000 కంటే ఎక్కువ వరకు ఉంటుంది. చాలా ఉత్పరివర్తనలు జీవసంబంధమైన ప్రాముఖ్యతను కలిగి ఉండవు లేదా పరిమితంగా ఉంటాయి, ఉత్పరివర్తన కోడింగ్ ప్రాంతంలో సంభవించినప్పటికీ, అటువంటి ముఖ్యమైన ఉత్పరివర్తన సంఘటనలను "ప్రయాణికుల ఉత్పరివర్తనలు" అంటారు. ఒక నిర్దిష్ట కణితి రకంలోని జన్యు వైవిధ్యం చికిత్సకు దాని ప్రతిస్పందనను లేదా నిరోధకతను అంచనా వేస్తే, ఆ వైవిధ్యం వైద్యపరంగా పనిచేయగలదిగా పరిగణించబడుతుంది.
ఆంకోజీన్లు మరియు కణితి నిరోధక జన్యువులు. క్యాన్సర్‌లో తరచుగా పరివర్తన చెందే జన్యువులను సుమారుగా రెండు వర్గాలుగా విభజించవచ్చు, ఆంకోజీన్లు మరియు కణితి నిరోధక జన్యువులు. సాధారణ కణాలలో, ఆంకోజీన్‌ల ద్వారా ఎన్‌కోడ్ చేయబడిన ప్రోటీన్ ప్రధానంగా కణాల విస్తరణను ప్రోత్సహించడంలో మరియు కణ అపోప్టోసిస్‌ను నిరోధించడంలో పాత్ర పోషిస్తుంది, అయితే ఆంకోసప్రెసర్ జన్యువుల ద్వారా ఎన్‌కోడ్ చేయబడిన ప్రోటీన్ సాధారణ కణ పనితీరును నిర్వహించడానికి కణ విభజనను ప్రతికూలంగా నియంత్రించడంలో ప్రధానంగా బాధ్యత వహిస్తుంది. ప్రాణాంతక పరివర్తన ప్రక్రియలో, జన్యు ఉత్పరివర్తన ఆంకోజీన్ కార్యకలాపాల పెరుగుదలకు మరియు ఆంకోసప్రెసర్ జన్యు కార్యకలాపాల తగ్గుదలకు లేదా నష్టానికి దారితీస్తుంది.
చిన్న వైవిధ్యం మరియు నిర్మాణాత్మక వైవిధ్యం. ఇవి జన్యువులోని రెండు ప్రధాన రకాల ఉత్పరివర్తనలు. చిన్న వైవిధ్యాలు బేస్ ఇన్సర్షన్, తొలగింపు, ఫ్రేమ్‌షిఫ్ట్, స్టార్ట్ కోడాన్ లాస్, స్టాప్ కోడాన్ లాస్ మ్యుటేషన్‌లు మొదలైన వాటితో సహా తక్కువ సంఖ్యలో స్థావరాలను మార్చడం, తొలగించడం లేదా జోడించడం ద్వారా DNAని మారుస్తాయి. నిర్మాణాత్మక వైవిధ్యం అనేది ఒక పెద్ద జన్యు పునర్వ్యవస్థీకరణ, ఇది కొన్ని వేల స్థావరాల నుండి క్రోమోజోమ్‌లోని ఎక్కువ భాగం వరకు జన్యు కాపీ సంఖ్య మార్పులు, క్రోమోజోమ్ తొలగింపు, నకిలీ, విలోమం లేదా ట్రాన్స్‌లోకేషన్‌తో సహా జన్యు విభాగాలను కలిగి ఉంటుంది. ఈ ఉత్పరివర్తనలు ప్రోటీన్ ఫంక్షన్ యొక్క తగ్గింపు లేదా మెరుగుదలకు కారణం కావచ్చు. వ్యక్తిగత జన్యువుల స్థాయిలో మార్పులతో పాటు, జన్యుసంబంధమైన సంతకాలు కూడా క్లినికల్ సీక్వెన్సింగ్ నివేదికలలో భాగం. జన్యుసంబంధమైన సంతకాలను కణితి మ్యుటేషన్ లోడ్ (TMB), మైక్రోసాటిలైట్ అస్థిరత (MSI) మరియు హోమోలాగస్ రీకాంబినేషన్ లోపాలు వంటి చిన్న మరియు/లేదా నిర్మాణాత్మక వైవిధ్యాల సంక్లిష్ట నమూనాలుగా చూడవచ్చు.

క్లోనల్ మ్యుటేషన్ మరియు సబ్‌క్లోనల్ మ్యుటేషన్. క్లోనల్ మ్యుటేషన్లు అన్ని కణితి కణాలలో ఉంటాయి, రోగ నిర్ధారణ సమయంలో ఉంటాయి మరియు చికిత్స పురోగతి తర్వాత కూడా ఉంటాయి. అందువల్ల, క్లోనల్ మ్యుటేషన్లు కణితి చికిత్సా లక్ష్యాలుగా ఉపయోగించబడే సామర్థ్యాన్ని కలిగి ఉంటాయి. సబ్‌క్లోనల్ మ్యుటేషన్లు క్యాన్సర్ కణాల ఉపసమితిలో మాత్రమే ఉంటాయి మరియు రోగ నిర్ధారణ ప్రారంభంలో గుర్తించబడవచ్చు, కానీ తదుపరి పునరావృతంతో అదృశ్యమవుతాయి లేదా చికిత్స తర్వాత మాత్రమే కనిపిస్తాయి. క్యాన్సర్ వైవిధ్యత అనేది ఒకే క్యాన్సర్‌లో బహుళ సబ్‌క్లోనల్ ఉత్పరివర్తనల ఉనికిని సూచిస్తుంది. ముఖ్యంగా, అన్ని సాధారణ క్యాన్సర్ జాతులలో క్లినికల్‌గా ముఖ్యమైన డ్రైవర్ మ్యుటేషన్లలో ఎక్కువ భాగం క్లోనల్ మ్యుటేషన్లు మరియు క్యాన్సర్ పురోగతి అంతటా స్థిరంగా ఉంటాయి. సబ్‌క్లోన్‌ల ద్వారా తరచుగా మధ్యవర్తిత్వం వహించే నిరోధకత, రోగ నిర్ధారణ సమయంలో గుర్తించబడకపోవచ్చు కానీ చికిత్స తర్వాత అది తిరిగి వచ్చినప్పుడు కనిపిస్తుంది.

క్రోమోజోమల్ స్థాయిలో మార్పులను గుర్తించడానికి సాంప్రదాయ టెక్నిక్ FISH లేదా సెల్ కార్యోటైప్ ఉపయోగించబడుతుంది. జన్యు సంలీనాలు, తొలగింపులు మరియు విస్తరణలను గుర్తించడానికి FISHను ఉపయోగించవచ్చు మరియు అధిక ఖచ్చితత్వం మరియు సున్నితత్వంతో కానీ పరిమిత నిర్గమాంశతో అటువంటి వైవిధ్యాలను గుర్తించడానికి "గోల్డ్ స్టాండర్డ్"గా పరిగణించబడుతుంది. కొన్ని హెమటోలాజిక్ ప్రాణాంతకతలలో, ముఖ్యంగా తీవ్రమైన లుకేమియాలో, కార్యోటైపింగ్ ఇప్పటికీ రోగ నిర్ధారణ మరియు రోగ నిర్ధారణకు మార్గనిర్దేశం చేయడానికి ఉపయోగించబడుతుంది, అయితే ఈ టెక్నిక్ క్రమంగా FISH, WGS మరియు NGS వంటి లక్ష్య పరమాణు పరీక్షల ద్వారా భర్తీ చేయబడుతోంది.
వ్యక్తిగత జన్యువులలో మార్పులను PCR ద్వారా గుర్తించవచ్చు, రియల్-టైమ్ PCR మరియు డిజిటల్ డ్రాప్ PCR రెండూ. ఈ పద్ధతులు అధిక సున్నితత్వాన్ని కలిగి ఉంటాయి, ముఖ్యంగా చిన్న అవశేష గాయాలను గుర్తించడం మరియు పర్యవేక్షించడానికి అనుకూలంగా ఉంటాయి మరియు సాపేక్షంగా తక్కువ సమయంలో ఫలితాలను పొందగలవు, ప్రతికూలత ఏమిటంటే గుర్తింపు పరిధి పరిమితం (సాధారణంగా ఒకటి లేదా కొన్ని జన్యువులలో ఉత్పరివర్తనాలను మాత్రమే గుర్తిస్తాయి), మరియు బహుళ పరీక్షల సామర్థ్యం పరిమితం.
ఇమ్యునోహిస్టోకెమిస్ట్రీ (IHC) అనేది ప్రోటీన్ ఆధారిత పర్యవేక్షణ సాధనం, ఇది సాధారణంగా ERBB2 (HER2) మరియు ఈస్ట్రోజెన్ గ్రాహకాల వంటి బయోమార్కర్ల వ్యక్తీకరణను గుర్తించడానికి ఉపయోగిస్తారు. IHCని నిర్దిష్ట పరివర్తన చెందిన ప్రోటీన్‌లను (BRAF V600E వంటివి) మరియు నిర్దిష్ట జన్యు ఫ్యూషన్‌లను (ALK ఫ్యూషన్‌లు వంటివి) గుర్తించడానికి కూడా ఉపయోగించవచ్చు. IHC యొక్క ప్రయోజనం ఏమిటంటే దీనిని సాధారణ కణజాల విశ్లేషణ ప్రక్రియలో సులభంగా విలీనం చేయవచ్చు, కాబట్టి దీనిని ఇతర పరీక్షలతో కలపవచ్చు. అదనంగా, IHC సబ్‌సెల్యులార్ ప్రోటీన్ స్థానికీకరణపై సమాచారాన్ని అందించగలదు. పరిమిత స్కేలబిలిటీ మరియు అధిక సంస్థాగత డిమాండ్లు దీనికి ప్రతికూలతలు.
రెండవ తరం సీక్వెన్సింగ్ (NGS) NGS DNA మరియు/లేదా RNA స్థాయిలో వైవిధ్యాలను గుర్తించడానికి అధిక-త్రూపుట్ సమాంతర సీక్వెన్సింగ్ పద్ధతులను ఉపయోగిస్తుంది. ఈ సాంకేతికతను మొత్తం జీనోమ్ (WGS) మరియు ఆసక్తి ఉన్న జన్యు ప్రాంతాలు రెండింటినీ క్రమం చేయడానికి ఉపయోగించవచ్చు. WGS అత్యంత సమగ్రమైన జన్యు ఉత్పరివర్తన సమాచారాన్ని అందిస్తుంది, కానీ దాని క్లినికల్ అప్లికేషన్‌కు అనేక అడ్డంకులు ఉన్నాయి, వాటిలో తాజా కణితి కణజాల నమూనాల అవసరం (ఫార్మాలిన్-ఇమ్మొబిలైజ్డ్ నమూనాలను విశ్లేషించడానికి WGS ఇంకా అనుకూలంగా లేదు) మరియు అధిక ధర ఉన్నాయి.
టార్గెటెడ్ NGS సీక్వెన్సింగ్‌లో మొత్తం ఎక్సాన్ సీక్వెన్సింగ్ మరియు టార్గెట్ జీన్ ప్యానెల్ ఉంటాయి. ఈ పరీక్షలు DNA ప్రోబ్స్ లేదా PCR యాంప్లిఫికేషన్ ద్వారా ఆసక్తి ఉన్న ప్రాంతాలను సుసంపన్నం చేస్తాయి, తద్వారా అవసరమైన సీక్వెన్సింగ్ మొత్తాన్ని పరిమితం చేస్తుంది (మొత్తం ఎక్సోమ్ జన్యువులో 1 నుండి 2 శాతం ఉంటుంది మరియు 500 జన్యువులను కలిగి ఉన్న పెద్ద ప్యానెల్లు కూడా జన్యువులో 0.1 శాతం మాత్రమే ఉంటాయి). ఫార్మాలిన్-ఫిక్స్‌డ్ కణజాలాలలో మొత్తం ఎక్సాన్ సీక్వెన్సింగ్ బాగా పనిచేసినప్పటికీ, దాని ఖర్చు ఎక్కువగా ఉంటుంది. టార్గెట్ జన్యు కలయికలు సాపేక్షంగా పొదుపుగా ఉంటాయి మరియు పరీక్షించాల్సిన జన్యువులను ఎంచుకోవడంలో వశ్యతను అనుమతిస్తాయి. అదనంగా, ప్రసరణ ఉచిత DNA (cfDNA) క్యాన్సర్ రోగుల జన్యు విశ్లేషణకు కొత్త ఎంపికగా ఉద్భవిస్తోంది, దీనిని ద్రవ బయాప్సీలు అని పిలుస్తారు. క్యాన్సర్ కణాలు మరియు సాధారణ కణాలు రెండూ DNAను రక్తప్రవాహంలోకి విడుదల చేయగలవు మరియు క్యాన్సర్ కణాల నుండి వెలువడే DNAను సర్క్యులేటింగ్ ట్యూమర్ DNA (ctDNA) అని పిలుస్తారు, దీనిని కణితి కణాలలో సంభావ్య ఉత్పరివర్తనాలను గుర్తించడానికి విశ్లేషించవచ్చు.
పరీక్ష ఎంపిక పరిష్కరించాల్సిన నిర్దిష్ట క్లినికల్ సమస్యపై ఆధారపడి ఉంటుంది. ఆమోదించబడిన చికిత్సలతో సంబంధం ఉన్న చాలా బయోమార్కర్లను FISH, IHC మరియు PCR పద్ధతుల ద్వారా గుర్తించవచ్చు. ఈ పద్ధతులు తక్కువ మొత్తంలో బయోమార్కర్లను గుర్తించడానికి సహేతుకమైనవి, కానీ అవి పెరుగుతున్న నిర్గమాంశతో గుర్తింపు సామర్థ్యాన్ని మెరుగుపరచవు మరియు చాలా బయోమార్కర్లు కనుగొనబడితే, గుర్తించడానికి తగినంత కణజాలం ఉండకపోవచ్చు. ఊపిరితిత్తుల క్యాన్సర్ వంటి కొన్ని నిర్దిష్ట క్యాన్సర్లలో, కణజాల నమూనాలను పొందడం కష్టం మరియు పరీక్షించడానికి బహుళ బయోమార్కర్లు ఉన్న చోట, NGSని ఉపయోగించడం మంచి ఎంపిక. ముగింపులో, పరీక్ష ఎంపిక ప్రతి రోగికి పరీక్షించాల్సిన బయోమార్కర్ల సంఖ్య మరియు బయోమార్కర్ కోసం పరీక్షించాల్సిన రోగుల సంఖ్యపై ఆధారపడి ఉంటుంది. కొన్ని సందర్భాల్లో, IHC/FISH వాడకం సరిపోతుంది, ముఖ్యంగా లక్ష్యాన్ని గుర్తించినప్పుడు, ఉదాహరణకు రొమ్ము క్యాన్సర్ రోగులలో ఈస్ట్రోజెన్ గ్రాహకాలు, ప్రొజెస్టెరాన్ గ్రాహకాలు మరియు ERBB2లను గుర్తించడం. జన్యు ఉత్పరివర్తనాల యొక్క మరింత సమగ్ర అన్వేషణ మరియు సంభావ్య చికిత్సా లక్ష్యాల కోసం శోధన అవసరమైతే, NGS మరింత వ్యవస్థీకృతంగా మరియు ఖర్చుతో కూడుకున్నది. అదనంగా, IHC/FISH ఫలితాలు అస్పష్టంగా లేదా అసంపూర్ణంగా ఉన్న సందర్భాల్లో NGSని పరిగణించవచ్చు..

జన్యు పరీక్షకు ఏ రోగులు అర్హులు అనే దానిపై వివిధ మార్గదర్శకాలు మార్గదర్శకత్వం ఇస్తాయి. 2020లో, ESMO ప్రెసిషన్ మెడిసిన్ వర్కింగ్ గ్రూప్ అధునాతన క్యాన్సర్ ఉన్న రోగులకు మొదటి NGS పరీక్ష సిఫార్సులను జారీ చేసింది, అధునాతన నాన్-స్క్వామస్ నాన్-స్మాల్ సెల్ లంగ్ క్యాన్సర్, ప్రోస్టేట్ క్యాన్సర్, కొలొరెక్టల్ క్యాన్సర్, బైల్ డక్ట్ క్యాన్సర్ మరియు అండాశయ క్యాన్సర్ కణితి నమూనాలకు సాధారణ NGS పరీక్షను సిఫార్సు చేసింది మరియు 2024లో, ESMO ఈ ప్రాతిపదికన నవీకరించబడింది, రొమ్ము క్యాన్సర్ మరియు అరుదైన కణితులను చేర్చాలని సిఫార్సు చేసింది. జీర్ణశయాంతర స్ట్రోమల్ కణితులు, సార్కోమాలు, థైరాయిడ్ క్యాన్సర్లు మరియు తెలియని మూలం యొక్క క్యాన్సర్లు వంటివి.
2022లో, మెటాస్టాటిక్ లేదా అడ్వాన్స్‌డ్ క్యాన్సర్ ఉన్న రోగులలో సోమాటిక్ జీనోమ్ పరీక్షపై ASCO యొక్క క్లినికల్ ఒపీనియన్, మెటాస్టాటిక్ లేదా అడ్వాన్స్‌డ్ సాలిడ్ ట్యూమర్‌లు ఉన్న రోగులలో బయోమార్కర్ సంబంధిత చికిత్స ఆమోదించబడితే, ఈ రోగులకు జన్యు పరీక్ష సిఫార్సు చేయబడుతుందని పేర్కొంది. ఉదాహరణకు, BRAF V600E ఉత్పరివర్తనల కోసం పరీక్షించడానికి మెటాస్టాటిక్ మెలనోమా ఉన్న రోగులలో జన్యు పరీక్షను నిర్వహించాలి, ఎందుకంటే RAF మరియు MEK ఇన్హిబిటర్లు ఈ సూచన కోసం ఆమోదించబడ్డాయి. అదనంగా, రోగికి ఇవ్వబడే ఔషధానికి నిరోధకత యొక్క స్పష్టమైన మార్కర్ ఉంటే జన్యు పరీక్షను కూడా నిర్వహించాలి. ఉదాహరణకు, Egfrmab, KRAS మ్యూటెంట్ కొలొరెక్టల్ క్యాన్సర్‌లో అసమర్థమైనది. జన్యు శ్రేణికి రోగి యొక్క అనుకూలతను పరిగణనలోకి తీసుకున్నప్పుడు, రోగి యొక్క శారీరక స్థితి, కోమోర్బిడిటీలు మరియు కణితి దశను సమగ్రపరచాలి, ఎందుకంటే రోగి సమ్మతి, ప్రయోగశాల ప్రాసెసింగ్ మరియు సీక్వెన్సింగ్ ఫలితాల విశ్లేషణతో సహా జన్యు శ్రేణికి అవసరమైన దశల శ్రేణికి రోగికి తగినంత శారీరక సామర్థ్యం మరియు ఆయుర్దాయం అవసరం.
సోమాటిక్ మ్యుటేషన్లతో పాటు, కొన్ని క్యాన్సర్లను జెర్మ్‌లైన్ జన్యువుల కోసం కూడా పరీక్షించాలి. జెర్మ్‌లైన్ మ్యుటేషన్ల కోసం పరీక్షించడం వల్ల రొమ్ము, అండాశయం, ప్రోస్టేట్ మరియు ప్యాంక్రియాటిక్ క్యాన్సర్‌లలో BRCA1 మరియు BRCA2 మ్యుటేషన్ల వంటి క్యాన్సర్‌ల చికిత్స నిర్ణయాలను ప్రభావితం చేయవచ్చు. జెర్మ్‌లైన్ మ్యుటేషన్ల కోసం పరీక్షించడానికి రోగులలో భవిష్యత్తులో క్యాన్సర్ స్క్రీనింగ్ మరియు నివారణకు కూడా చిక్కులు ఉండవచ్చు. జెర్మ్‌లైన్ మ్యుటేషన్ల కోసం పరీక్షించడానికి తగిన రోగులు కొన్ని పరిస్థితులను తీర్చాలి, ఇందులో క్యాన్సర్ కుటుంబ చరిత్ర, రోగ నిర్ధారణ వయస్సు మరియు క్యాన్సర్ రకం వంటి అంశాలు ఉంటాయి. అయితే, జెర్మ్‌లైన్‌లో వ్యాధికారక ఉత్పరివర్తనాలను కలిగి ఉన్న చాలా మంది రోగులు (50% వరకు) కుటుంబ చరిత్ర ఆధారంగా జెర్మ్‌లైన్ మ్యుటేషన్‌ల కోసం పరీక్షించడానికి సాంప్రదాయ ప్రమాణాలను అందుకోరు. అందువల్ల, మ్యుటేషన్ క్యారియర్‌ల గుర్తింపును గరిష్టీకరించడానికి, నేషనల్ కాంప్రహెన్సివ్ క్యాన్సర్ నెట్‌వర్క్ (NCCN) రొమ్ము, అండాశయం, ఎండోమెట్రియల్, ప్యాంక్రియాటిక్, కొలొరెక్టల్ లేదా ప్రోస్టేట్ క్యాన్సర్ ఉన్న అన్ని లేదా ఎక్కువ మంది రోగులను జెర్మ్‌లైన్ మ్యుటేషన్ల కోసం పరీక్షించాలని సిఫార్సు చేస్తుంది.
జన్యు పరీక్ష సమయానికి సంబంధించి, క్లినికల్‌గా ముఖ్యమైన డ్రైవర్ మ్యుటేషన్లలో ఎక్కువ భాగం క్లోనల్‌గా ఉంటాయి మరియు క్యాన్సర్ పురోగతి సమయంలో సాపేక్షంగా స్థిరంగా ఉంటాయి కాబట్టి, అధునాతన క్యాన్సర్ నిర్ధారణ సమయంలో రోగులపై జన్యు పరీక్షను నిర్వహించడం సహేతుకమైనది. తదుపరి జన్యు పరీక్ష కోసం, ముఖ్యంగా మాలిక్యులర్ టార్గెటెడ్ థెరపీ తర్వాత, ctDNA పరీక్ష కణితి కణజాల DNA కంటే ఎక్కువ ప్రయోజనకరంగా ఉంటుంది, ఎందుకంటే రక్త DNA అన్ని కణితి గాయాల నుండి DNAను కలిగి ఉంటుంది, ఇది కణితి వైవిధ్యత గురించి సమాచారాన్ని పొందడానికి మరింత అనుకూలంగా ఉంటుంది.
చికిత్స తర్వాత ctDNA విశ్లేషణ చికిత్సకు కణితి ప్రతిస్పందనను అంచనా వేయగలదు మరియు ప్రామాణిక ఇమేజింగ్ పద్ధతుల కంటే ముందుగానే వ్యాధి పురోగతిని గుర్తించగలదు. అయితే, చికిత్స నిర్ణయాలకు మార్గనిర్దేశం చేయడానికి ఈ డేటాను ఉపయోగించే ప్రోటోకాల్‌లు స్థాపించబడలేదు మరియు క్లినికల్ ట్రయల్స్‌లో తప్ప ctDNA విశ్లేషణ సిఫార్సు చేయబడలేదు. రాడికల్ ట్యూమర్ సర్జరీ తర్వాత చిన్న అవశేష గాయాలను అంచనా వేయడానికి కూడా ctDNAను ఉపయోగించవచ్చు. శస్త్రచికిత్స తర్వాత ctDNA పరీక్ష తదుపరి వ్యాధి పురోగతికి బలమైన అంచనా మరియు రోగి సహాయక కీమోథెరపీ నుండి ప్రయోజనం పొందుతారో లేదో నిర్ణయించడంలో సహాయపడుతుంది, కానీ సహాయక కీమోథెరపీ నిర్ణయాలకు మార్గనిర్దేశం చేయడానికి క్లినికల్ ట్రయల్స్ వెలుపల ctDNAను ఉపయోగించడం ఇప్పటికీ సిఫార్సు చేయబడలేదు.

డేటా ప్రాసెసింగ్ జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్‌లో మొదటి దశ రోగి నమూనాల నుండి DNAని సంగ్రహించడం, లైబ్రరీలను సిద్ధం చేయడం మరియు ముడి సీక్వెన్సింగ్ డేటాను రూపొందించడం. ముడి డేటాకు మరింత ప్రాసెసింగ్ అవసరం, వీటిలో తక్కువ-నాణ్యత డేటాను ఫిల్టర్ చేయడం, రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌తో పోల్చడం, విభిన్న విశ్లేషణాత్మక అల్గోరిథంల ద్వారా వివిధ రకాల ఉత్పరివర్తనాలను గుర్తించడం, ప్రోటీన్ అనువాదంపై ఈ ఉత్పరివర్తనాల ప్రభావాన్ని నిర్ణయించడం మరియు జెర్మ్ లైన్ ఉత్పరివర్తనాలను ఫిల్టర్ చేయడం వంటివి ఉన్నాయి.
డ్రైవర్ జన్యు వ్యాఖ్యానం డ్రైవర్ మరియు ప్రయాణీకుల ఉత్పరివర్తనాలను వేరు చేయడానికి రూపొందించబడింది. డ్రైవర్ ఉత్పరివర్తనలు కణితి అణిచివేత జన్యు కార్యకలాపాల నష్టానికి లేదా వృద్ధికి దారితీస్తాయి. కణితి అణిచివేత జన్యువుల నిష్క్రియాత్మకతకు దారితీసే చిన్న వైవిధ్యాలలో అర్ధంలేని ఉత్పరివర్తనలు, ఫ్రేమ్‌షిఫ్ట్ ఉత్పరివర్తనలు మరియు కీ స్ప్లిసింగ్ సైట్ ఉత్పరివర్తనలు, అలాగే తక్కువ తరచుగా ప్రారంభ కోడాన్ తొలగింపు, కోడాన్ తొలగింపును ఆపడం మరియు విస్తృత శ్రేణి ఇంట్రాన్ చొప్పించడం/తొలగింపు ఉత్పరివర్తనలు ఉన్నాయి. అదనంగా, మిస్సెన్స్ ఉత్పరివర్తనలు మరియు చిన్న ఇంట్రాన్ చొప్పించడం/తొలగింపు ఉత్పరివర్తనలు కూడా ముఖ్యమైన ఫంక్షనల్ డొమైన్‌లను ప్రభావితం చేసేటప్పుడు కణితి అణిచివేత జన్యు కార్యకలాపాల నష్టానికి దారితీస్తాయి. కణితి అణిచివేత జన్యు కార్యకలాపాల నష్టానికి దారితీసే నిర్మాణ వైవిధ్యాలలో పాక్షిక లేదా పూర్తి జన్యు తొలగింపు మరియు జన్యు పఠన ఫ్రేమ్ నాశనానికి దారితీసే ఇతర జన్యు వైవిధ్యాలు ఉన్నాయి. ఆంకోజీన్‌ల మెరుగైన పనితీరుకు దారితీసే చిన్న వైవిధ్యాలలో మిస్సెన్స్ ఉత్పరివర్తనలు మరియు ముఖ్యమైన ప్రోటీన్ ఫంక్షనల్ డొమైన్‌లను లక్ష్యంగా చేసుకునే అప్పుడప్పుడు ఇంట్రాన్ చొప్పించడం/తొలగింపులు ఉన్నాయి. అరుదైన సందర్భాల్లో, ప్రోటీన్ కత్తిరింపు లేదా స్ప్లిసింగ్ సైట్ ఉత్పరివర్తనలు ఆంకోజీన్‌ల క్రియాశీలతకు దారితీస్తాయి. ఆంకోజీన్ క్రియాశీలతకు దారితీసే నిర్మాణ వైవిధ్యాలలో జన్యు సంలీనం, జన్యు తొలగింపు మరియు జన్యు నకిలీ ఉన్నాయి.
జన్యు వైవిధ్యం యొక్క క్లినికల్ వివరణ గుర్తించబడిన ఉత్పరివర్తనాల యొక్క క్లినికల్ ప్రాముఖ్యతను అంచనా వేస్తుంది, అనగా వాటి సంభావ్య రోగనిర్ధారణ, రోగనిర్ధారణ లేదా చికిత్సా విలువ. జన్యు వైవిధ్యం యొక్క క్లినికల్ వివరణకు మార్గనిర్దేశం చేయడానికి అనేక ఆధారాల ఆధారిత గ్రేడింగ్ వ్యవస్థలను ఉపయోగించవచ్చు.
మెమోరియల్ స్లోన్-కెట్టెరింగ్ క్యాన్సర్ సెంటర్ యొక్క ప్రెసిషన్ మెడిసిన్ ఆంకాలజీ డేటాబేస్ (OncoKB) జన్యు వైవిధ్యాలను వాటి ఔషధ వినియోగానికి అంచనా విలువ ఆధారంగా నాలుగు స్థాయిలుగా వర్గీకరిస్తుంది: లెవల్ 1/2, FDA-ఆమోదించబడిన లేదా క్లినికల్లీ-స్టాండర్డ్ బయోమార్కర్లు, ఇవి ఆమోదించబడిన ఔషధానికి నిర్దిష్ట సూచన యొక్క ప్రతిస్పందనను అంచనా వేస్తాయి; లెవల్ 3, క్లినికల్ ట్రయల్స్‌లో ఆశాజనకంగా ఉన్న నవల లక్ష్య ఔషధాలకు ప్రతిస్పందనను అంచనా వేసే FDA-ఆమోదించబడిన లేదా ఆమోదించబడని బయోమార్కర్లు మరియు లెవల్ 4, క్లినికల్ ట్రయల్స్‌లో నమ్మకమైన జీవసంబంధమైన ఆధారాలను చూపించిన నవల లక్ష్య ఔషధాలకు ప్రతిస్పందనను అంచనా వేసే FDA-ఆమోదించబడని బయోమార్కర్లు. చికిత్స నిరోధకతతో సంబంధం ఉన్న ఐదవ ఉప సమూహం జోడించబడింది.
సోమాటిక్ వైవిధ్యం యొక్క వివరణ కోసం అమెరికన్ సొసైటీ ఫర్ మాలిక్యులర్ పాథాలజీ (AMP)/అమెరికన్ సొసైటీ ఆఫ్ క్లినికల్ ఆంకాలజీ (ASCO)/కాలేజ్ ఆఫ్ అమెరికన్ పాథాలజిస్ట్స్ (CAP) మార్గదర్శకాలు సోమాటిక్ వైవిధ్యాన్ని నాలుగు వర్గాలుగా విభజిస్తాయి: బలమైన క్లినికల్ ప్రాముఖ్యత కలిగిన గ్రేడ్ I; సంభావ్య క్లినికల్ ప్రాముఖ్యత కలిగిన గ్రేడ్ II; గ్రేడ్ III, క్లినికల్ ప్రాముఖ్యత తెలియదు; గ్రేడ్ IV, క్లినికల్ ప్రాముఖ్యత లేనివి. చికిత్స నిర్ణయాలకు గ్రేడ్ I మరియు II వైవిధ్యాలు మాత్రమే విలువైనవి.
ESMO యొక్క మాలిక్యులర్ టార్గెట్ క్లినికల్ ఆపరేబిలిటీ స్కేల్ (ESCAT) జన్యు వైవిధ్యాలను ఆరు స్థాయిలుగా వర్గీకరిస్తుంది: లెవల్ I, సాధారణ వినియోగానికి అనువైన లక్ష్యాలు; దశ II, ఇప్పటికీ అధ్యయనం చేయబడుతున్న లక్ష్యం, లక్ష్య ఔషధం నుండి ప్రయోజనం పొందగల రోగి జనాభాను పరీక్షించడానికి ఉపయోగించబడే అవకాశం ఉంది, కానీ దానిని సమర్ధించడానికి మరిన్ని డేటా అవసరం. గ్రేడ్ III, ఇతర క్యాన్సర్ జాతులలో క్లినికల్ ప్రయోజనాన్ని ప్రదర్శించిన లక్ష్య జన్యు వైవిధ్యాలు; గ్రేడ్ IV, ప్రీక్లినికల్ సాక్ష్యాల ద్వారా మద్దతు ఇవ్వబడిన లక్ష్య జన్యు వైవిధ్యాలు మాత్రమే; గ్రేడ్ Vలో, మ్యుటేషన్‌ను లక్ష్యంగా చేసుకోవడం యొక్క క్లినికల్ ప్రాముఖ్యతను సమర్ధించే ఆధారాలు ఉన్నాయి, కానీ లక్ష్యానికి వ్యతిరేకంగా సింగిల్-డ్రగ్ థెరపీ మనుగడను పొడిగించదు, లేదా కలయిక చికిత్స వ్యూహాన్ని అవలంబించవచ్చు; గ్రేడ్ X, క్లినికల్ విలువ లేకపోవడం.